Pada tahun 2029, Kota Niihama telah menjadi kota metropolitan yang berteknologi maju. Karena kemajuan besar dalam sibernetika, warganya dapat mengganti anggota tubuh mereka dengan bagian robotik. Dunia kini semakin terhubung dibandingkan sebelumnya, dan Bagian Keamanan Publik 9 kota ini bertanggung jawab untuk memberantas korupsi, terorisme, dan ancaman berbahaya lainnya menyusul peralihan menuju globalisasi.

Mayor Motoko Kusanagi dari Bagian yang berkemauan keras 9 mempelopori kasus yang melibatkan seorang peretas misterius yang hanya dikenal sebagai "Master Boneka", yang meninggalkan jejak para korban yang hilang ingatannya. Seperti banyak orang di dunia futuristik ini, tubuh Dalang hampir seluruhnya berbentuk robot, sehingga memberi mereka kekuatan luar biasa.

Saat Motoko dan bawahannya mengikuti jejak penjahat misterius tersebut, pihak lain—termasuk Bagian 6—mulai terlibat, memaksanya untuk menghadapi sifat kasus yang sangat rumit. Merenungkan berbagai pertanyaan filosofis, seperti makna hidupnya sendiri, Motoko segera menyadari bahwa yang akan memberikan jawaban tersebut tidak lain adalah sang Dalang sendiri.

[Ditulis oleh MAL Rewrite]

Catatan: Sinopsis diterjemahkan secara otomatis oleh Google Translate.